Находилась на вост. берегу Чёрного оз., в 1,5 км от дер. Анисимово Череповецкого у. Новгородской губ. (ныне Шекснинский р-н Вологодской обл.). Первоначально относилась к Вологодской епархии, с 1778 г.- к Новгородской. Основана в кон. XVI в. прп. Антонием Черноезерским, построившим ц. в честь Рождества Пресв. Богородицы. Поляки дважды разоряли А. Ч. п.: в 1585 и 1610 гг., когда пустынь была сожжена, впосл. восстановлена. В XVII в. над гробом преподобного построили деревянную часовню, на месте к-рой в 1875 г. возвели деревянную ц. Рождества Богородицы, в к-рой под спудом за правым клиросом покоились мощи прп. Антония. В 1764 г. А. Ч. п. была упразднена, в 1841 г. приписана к Чуровскому приходу, по штату в ней служили священник, диакон и пономарь.
В 1911 г. по инициативе архиеп. Новгородского Арсения (Стадницкого) А. Ч. п. была возобновлена с целью осуществления правосл. миссии среди старообрядцев-беспоповцев Спасова согласия, имевших в Череповецком у. жен. скиты. 7 июня состоялось торжественное открытие пустыни, на к-ром архиеп. Арсений совершил чин освящения мраморного креста. Начальное управление А. Ч. п. было поручено игум. Леушинского мон-ря прп. Таисии (Солоповой), первая настоятельница А. Ч. п.- игум. Маргарита была также из насельниц Леушинского мон-ря. На миссионерские цели пустыни в 1914 г. было назначено ежегодное пособие в размере 380 р.
В кон. 30-х гг. XX в. А. Ч. п. была закрыта, насельницы репрессированы. К 2001 г. на территории обители находились руины недостроенного (начат в 1916) каменного собора и приходское кладбище. Сохранился фундамент Рождественской ц.